抗体由两条重链和两条轻链通过二硫键连接而成。其抗原结合区高度可变，可以使得抗体能从约100亿个目标中识别出一个特定目标，这主要基于重组事件。在这些变异区域之外，抗体的序列通常较为稳定。20世纪60年代的研究利用木瓜蛋白酶等酶揭示了抗体的结构。木瓜蛋白酶是一种硫醇内肽酶，可以切割铰链区的肽键，生成三个片段：其中两个片段因其结合抗原的功能被称为Fab，而剩下的一个因易于在冷藏中结晶而被称为Fc，Fc段决定抗体的效应功能，主要与细胞表面的Fc受体结合发挥作用。

在流式细胞术中，标记样品细胞的荧光素偶联抗体通常是单克隆抗体，也有少数使用多克隆抗体。这些抗体的基本结构包括Fab段和Fc段。抗体的特异性由Fab段决定，标记时Fab段的抗原结合位点与细胞上的抗原分子特异性结合，从而标记并相对量化细胞上的抗原表达。然而，有些细胞（如巨噬细胞、树突状细胞和B淋巴细胞）表面表达Fc受体（FcR），这些FcR可以与荧光素偶联抗体的Fc段结合。Fc段与FcR的结合较为非特异性，通常与抗体的种属和类别有关，同种属、同类抗体的Fc段通常相同，因此这类FcR可以与所有该类抗体的Fc段非特异性结合。

在流式细胞术实验中，抗原抗体的特异性结合与非特异性结合本质上存在差异，但它们的结果可能会呈现出相似的表现，这可能导致假阳性结果，从而影响实验的准确性。为避免这种情况，建议在进行荧光标记抗体染色之前，先用IgG抗体对样品细胞进行封闭，以阻止Fc受体的非特异性结合。

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